В соответствии с пунктом 3 статьи 346.11 НК РФ, организации и ИП на УСН не платят НДС. Они не должны предъявлять контрагентам при продаже товаров и услуг этот налог, поэтому они и не оформляют счета-фактуры. Ведь этот документ служит основанием для принятия продавцом суммы входного НДС к вычету — других функций у него нет.